【思路】
本题可从第二空入手。文段要表达的意思是人体的健康会与体内的菌群关系密切。B项“表里相依”指关系密切,互相依存;C项“如影随形”意思是好像影子总是跟着身体一样,比喻两个事物关系密切或两个人关系密切不能分离;D项“休戚与共”形容关系密切,厉害相同。均符合文意,保留。A项“同气连枝”比喻同胞的兄弟姐妹,置于此处搭配不当,排除。
第一空。根据“人体是一个庞大的共生体。人体皮肤表面、口腔、呼吸道、肠道________着大量微生物”可知,文段要表达的意思是这些地方生存着大量微生物。B项“依附”指依靠,依赖,语义不符,排除。C项“潜伏”指埋伏,偷偷地藏着,文段中表达的是生存的意思,并没有体现这些微生物是埋伏在身体各个部位的,排除;D项“生存”指生活存在,符合文意。
因此,答案为D。