【思路】
根据材料第一段“截止到2016年12月底...其中企业2001.5万户,个体工商户5400.9万户,其他市场主体421.3万户。”可以得知企业户数和个体工商户户数分别为2001.5和5400.9,5400.9-2001.5=3399.4。
因此,答案为B。