【思路】
分析语境。根据这个疾病已经肆虐了人类“几千年”,说明歧视一直在累积,加上后文将麻风病人赶至荒岛的做法,说明人们歧视的观念很深。
A项:“根深蒂固”比喻基础稳固,不容易动摇。一般搭配“思想”和“观念”,符合语境。
B项:“积重难返”多指恶习或弊端已发展到难以革除的地步。一般搭配“风气”“习俗”“习惯”等,“歧视”是观念并非习俗,因此搭配不当,排除B项。
C项:“由来已久”说明事情从发生到现在已经过了很长时间,侧重“时间久”,文段侧重“歧视深”,不符合语境,排除C项。
D项:“应运而生”指适应时机而产生,歧视早已有之,并不是随着几千年疾病的肆虐后产生的,不符合时间逻辑,排除D项。
因此,答案为A。