【思路】
找到题目中词语之间的逻辑关系:孤本指仅存一本的书籍,与书籍是包含与被包含的关系,且第一个词语被第二个词语包含。
A项:正方形是特殊的长方形,被第二个词语包含,正确。
B项:蔬菜长在土地上,不是一种特殊的土地,没有被包含,排除。
C项:显微镜是实验室里的工具,不是一种特殊的实验室,没有被包含,排除。
D项:商品是用于交换的劳动产品,礼物是赠予他人的物品,没有产品的交换,所以礼物不是商品,不符合。
因此,答案为A。