答案:A
解析:A项正确,甲综合行政执法局有权责令孙某限期拆除其违法建筑。《行政处罚法》第十八条第一款:“国家在城市管理、市场监管、生态环境、文化市场、交通运输、应急管理、农业等领域推行建立综合行政执法制度,相对集中行政处罚权。”
B项错误,某变电站项目已经建成六年,超过了行政处罚的追究时效,不再处罚。《行政处罚法》第三十六条:“违法行为在二年内未被发现的,不再给予行政处罚;涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的,上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限,从违法行为发生之日起计算;违法行为有连续或者继续状态的,从行为终了之日起计算。”
C项错误,丙税务部门对公司罚款三次的做法违背了行政处罚中一事不再罚原则。《行政处罚法》第二十九条:“对当事人的同一个违法行为,不得给予两次以上罚款的行政处罚。同一个违法行为违反多个法律规范应当给予罚款处罚的,按照罚款数额高的规定处罚。”
D项错误,丁市场监督管理局没有限制人身自由的行政处罚权,无法对王某作出行政拘留七日的处罚。《行政处罚法》第十八条第三款:“限制人身自由的行政处罚权只能由公安机关和法律规定的其他机关行使。”故答案为A。